全詩大體分兩層筆墨。前八句，著重在描寫南澗時所見景物。時方深秋，詩人獨自來到南澗游覽。澗中寂寞，仿佛秋天的肅殺之氣獨聚于此。雖日當正午，而秋風陣陣，林影稀疏，仍給人以蕭瑟之感。詩人初到時若有所得，忘卻了疲勞。但忽聞失侶之禽鳴于幽谷，眼見澗中水藻在波面上蕩漾，卻引起了無窮聯想。詩的后八句，便著重抒寫詩人由聯想而產生的感慨。詩人自述遷謫離京以來，神情恍惚，懷人不見而有淚空垂。人孤則易為感傷，政治上一失意，便動輒得咎。如今處境索寞，竟成何事？于此徘徊，亦只自知。以后誰再遷謫來此，也許會理解這種心情。詩人因參加王叔文政治集團而遭受貶謫，使他感到憂傷憤懣，而南澗之游，本是解人煩悶的樂事，然所見景物，卻又偏偏勾引起他的苦悶和煩惱。所以蘇軾認為“柳子厚南遷后詩，清勁紆徐，大率類此”（《東坡題跋》卷二《書柳子厚南澗詩》）。這是道出了柳宗元貶后所作詩歌在思想內容方面的基本特色的。

　　清人何焯在所著《義門讀書記》中，也曾對此詩作過較好的分析。他說：“‘秋氣集南澗’，萬感俱集，忽不自禁。發端有力。‘羈禽響幽谷’一聯，似緣上‘風’字，直書即目，其實乃興中之比也。羈禽哀鳴者，友聲不可求，而斷遷喬之望也，起下‘懷人’句。寒藻獨舞者，潛魚不能依，而乖得性之樂也，起下‘去國’句。”他這種看法，既注意到了詩人在詩歌中所反映的思想情緒，又注意到了這種思想情緒在詩歌結構安排上的內在聯系，是符合作品本身的實際的。“秋氣集南澗”一句，雖是寫景，點出時令，一個“集”字便用得頗有深意。悲涼蕭瑟的“秋氣”怎么能獨聚于南澗呢？這自然是詩人主觀的感受，在這樣的時令和氣氛中，詩人“獨游”到此，自然會“萬感俱集”，不可抑止。他滿腔憂郁的情懷，便一齊從這里開始傾瀉出來。詩人由“秋氣”進而寫到秋風蕭瑟，林影參差，引出“羈禽響幽谷”一聯。詩人描繪山鳥驚飛獨往，秋萍飄浮不定，不正使人仿佛看到詩人在溪澗深處躑躅徬徨、凄婉哀傷的身影嗎？這“羈禽”二句，雖然是直書見聞，“其實乃興中之比”，開下文著重抒寫感慨的張本。詩人以“羈禽”在“幽谷”中哀鳴，欲求友聲而不可得，比之為對重返朝廷之無望，因而使他要“懷人淚空垂”了。這詩寫得平淡簡樸，而細細體會，蘊味深長，“平淡有思致”。蘇軾稱贊此詩“妙絕古今”，“熟視有奇趣”，道出了它的藝術特色。